การที่โปรแกรมส่วนใหญ่ที่ทำงานบนระบบปฏิบัติการลินุกซ์ แล้วไม่ค่อยมีปัญหากับโปรแกรมประเภทก่อกวนหรือโปรแกรมไวรัสมากนัก ไม่ใช่เพราะว่า โปรแกรมไวรัสหรือโปรแกรมมัลแวร์ที่ว่านี้ไม่สามารถทำอันตรายให้กับระบบปฏิบัติการลินุกซ์ได้ แต่เป็นเพราะ ระบบปฏิบัติการลินุกซ์ ไม่ได้เป็นเป้าหมายหลักของพวกโปรแกรมไวรัสหรือมัลแวร์ต่างหาก ในทางกลับกัน ระบบปฏิบัติการลินุกซ์นั้นง่ายต่อการถูกคุกคามจากผู้ที่ต้องการโจมตีระบบหรือโปรแกรมประเภทไวรัสมากกว่าระบบปฏิบัติการวินโดวส์เสียอีก และผลกระทบยังร้ายแรงกว่าอีกด้วย เนื่องจากระบบปฏิบัติการลินุกซ์ส่วนใหญ่มีการเผยแพร่ฟรี พร้อมทั้งมีการแจกจ่ายซอร์สโค้ด แต่ที่ไม่เกิดปัญหามากเท่ากับระบบปฏิบัติการวินโดวส์นั้น เนื่องจากยังไม่เป็นที่นิยมในกลุ่มคนส่วนใหญ่ และยังไม่ได้มีใช้กันอย่างแพร่หลายเหมือนกับระบบปฏิบัติการวินโดวส์ หรืออาจจะเป็นเพราะว่า แฮคได้โจมตีได้ ก็ไม่ดังเท่ากับแฮควินโดวส์นั่นเองคร้าบ
