โดยปกติแล้วการจัดเรียงข้อมูลบนฮาร์ดดิสต์หรือการ Defragment เครื่องนั้น แนะนำว่าควรจะกระทำบน Safemode เพื่อป้องกันไม่ให้มีโปรแกรมอื่นใดมารบกวนการทำงานของโปรแกรม Disk Defragmenter ซึ่งจะทำให้กระบวนการ Defrag นั้น ทำงานได้อย่างไม่ติดขัดและรวดเร็วยิ่งขึ้น แต่ถ้าเป็นการ Defrag ในโหมดปกติของ Windows แนะนำว่าควรจะปิดโปรแกรมทั้งหมดที่อยู่บนหน้าจอหรือที่ทำงานอัตโนมัติอยู่ใน System Tray (มุมล่างขวาของจอ) ลงเสียก่อน เพื่อจะได้ไม่เป็นการขัดขวางการทำงานของโปรแกรม Disk Defragmenter ในระหว่างที่กำลัง Defrag ข้อมูลอยู่ นอกจากนี้เราควรจะต้องตรวจสอบและซ่อมแซมโครงสร้างของไฟล์ด้วยโปรแกรม Check Disk ให้เรียบร้อยก่อนด้วย มิเช่นนั้นโปรแกรม Disk Defragmenter อาจจะหยุดดำเนินการลง และแจ้งให้เราไปตรวจสอบและซ่อมแซมโครงสร้างของไฟล์ให้เรียบร้อยเสียก่อน
